[BioPython] pierwsze kroki

Chciałbym zrobić to co opisują na stronie http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/currentstudents/peter_cock/python/protein_superposition/
ale po wpisaniu

import Bio.PDB
import numpy

pdb_code = "1JOY"
pdb_filename = "%s.pdb" % pdb_code
pdb_out_filename = "%s_aligned.pdb" % pdb_code

seq_str = 'MAAGVKQLADDRTLLMAGVSHDLRTPLTRIRLATEMMSEQDGYLAESINKDIEECNAIIEQFIDYLR'
use_str = '-----------RTLLMAGVSHDLRTPLTRIRLATEMMSEQDGYLAESINKDI---------------'
use = [letter<>"-" for letter in use_str]
assert len(use) == len(seq_str)

print "Loading PDB file %s" % pdb_filename
structure = Bio.PDB.PDBParser().get_structure(pdb_code, pdb_filename)

błąd mi wyskakuje:

Traceback (most recent call last):
  File "<pyshell#10>", line 1, in <module>
    structure = Bio.PDB.PDBParser().get_structure(pdb_code, pdb_filename)
  File "C:\Python26\lib\site-packages\Bio\PDB\PDBParser.py", line 63, in get_structure
    file=open(file)
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '1JOY.pdb'

Dodam (dla nie wtajemniczonych:)) pdb to baza danych plików tego typu 1JOY.pdb (tekstowy zapis struktury białka ale to nie ważne) chciałbym się dowiedzieć czy ten kod chce ściągnąć taki plik 1JOY.pdb z bazy danych czy raczej szuka go w bibliotece i nie może znaleźć bo musiałbym skopiować całą bazę danych na dysk.

Jestem w fazie początkowej w zaznajamianiu się z pythonem i biopythonem więc każda podpowiedź będzie dla mnie cenna.

IOError: [Errno 2] No such file or directory: '1JOY.pdb'

oznacza, że w bieżącym katalogu nie ma pliku 1JOY.pdb

w bieżącym czyli w tym C:\Python26\lib\site-packages\Bio\PDB\ ?
Nestety zamieszczeie tam tego pliku nie pomaga

Uruchom Pythona i wpisz kolejno polecenia

from os import *
getcwd()

dowiesz sie jaki jest katalog bieżący

dzięki za pomoc