Równie dobrze można powiedzieć, że Adobe Flash nie używa się w Internecie, bo nie działa na iOS, czyli iPhone i iPadach.
Zamiast apletów Javy i Adobe Flash po stronie klienta używa się dzisiaj tzw HTML5, czyli masy JavaScriptu, CSS itd Aplety Javy zresztą i tak od dawna były rzadkością, więc pisanie, że aplety Javy odchodzą w niepamięć jest trochę bez sensu.
Natomiast po stronie serwera używa się różnych rzeczy, najpopularniejszy jest raczej PHP, jeśli chodzi o stronki publicznie dostępne. Jeśli chodzi o aplikacje biznesowe robione na zamówienia to głównie Java, C#. Aplikacje na smartfony i tablety to głównie Java (Android) i Objective-C (iOS).
I nie wygląda na to, by .NET zastępował Javę: http://www.indeed.com/jobtrends?q=java%2C+.net&l=
Edit:
Znalazłem jakiegoś bloga z wpisem o kurniku i jest tam napisane, że przechodzą z apletów Javy na HTML5, tylko jak wchodzę na kurnik to nie ma takiej opcji.
http://tomasz.topa.pl/kurnik-w-html5-koniec-javy-koniec-epoki.html
Edit2:
Wszedłem na kurnik.pl/tysiac ze smartfonu ale wyświetlił mi się komunikat, że brakuje mi Web Socketów. Hmm, wygląda na to, że trzeba doinstalować dodatkową przeglądarkę na smartfonie. IE obsluguje WebSocket dopiero od wersji 10, więc też nie jest zbyt różowo.
http://caniuse.com/websockets